功能性不射精症有以下三种原因：
（1）中枢性射精障碍：主要起因于大脑功能异常，对兴奋的抑制性加强，尤其是对射精中枢抑制性更为明显，故患者无性欲高潮和射精动作。亦有少数病例是因智力障碍、感情压抑、感觉器官异常等造成不射精。
（2）心理因素性射精障碍：这种类型纯属心理因素所致，其射精障碍既没有中枢性的功能障碍，也没有前列腺疾病系统的器质性疾患。
（3）脊髓性中枢性射精障碍：由于腰骶髓内射精中枢和勃起中枢功能紊乱或衰竭，导致了射精迟缓以至完全不能射精。